どうも、しんじです。
Gitを勉強していく中でやっておいた方がいいことがあるので、それについて簡単に紹介しておきます。
結論から言います。これをやってください。
なぜGitグラフがグチャグチャになってしまうか。それはブランチとコミット操作について理解できていない部分があるからです。
私も独学でやっているとき、あまりGitをきれいにするという意識はなかったです。むしろGitグラフをきれいにするってどういうこと?と思っていました。それでもなんとかなっていました。
しかしエンジニアとして、他の人と一緒にプログラミングに携わることになったら、必須のスキルになります。一度試してみてください。